تعرضت حركة حماس لضربات قوية من الاحتلال "الإسرائيلي" وأذرعه الأمنية، كان أصعبها عمليات الاغتيال التي طالت مؤسسها وقيادات الصف الأول في الحركة وجناحها العسكري كتائب القسام.
وفي 24 نوفمبر 1993، اغتال الاحتلال القيادي بكتائب القسام المطارد عماد عقل بمدينة غزة، بعد سلسلة عمليات نوعية وجريئة قادها، قتل خلالها مجموعة من الضباط والجنود الإسرائيليين.
وفي 5 يناير 1996 اغتال الاحتلال المهندس الأول في كتائب القسام يحيى عياش بتفجير هاتف نقال، بعد مجموعة عمليات استشهادية أعدها وخططها أسفرت عن مقتل وإصابة مئات الإسرائيليين بواسطة أحزمة ناسفة أعدها بنفسه.
واغتيل القائدان البارزان جمال منصور، وجمال سليم بتاريخ 31 يوليو 2001) بصاروخ أطلق من طائرة مروحية إسرائيلية استهدف مكتبًا في مدينة نابلس شمال الضفة الغربية المحتلة.
كما اغتال الاحتلال قائد كتائب الشهيد عز الدين القسام في الضفة الغربية محمود أبو هنود بتاريخ 23 نوفمبر 2001 باستهداف مركبة قرب نابلس بصاروخ من طائرة مروحية.
وبتاريخ 22 يوليو 2002 اغتال الاحتلال القائد العام لكتائب القسام صلاح شحادة بواسطة قنبلة تزن أكثر من طن، أسقطتها مقاتلة إسرائيلية على منزل في حي الدرج بمدينة غزة؛ ما أدى لاستشهاده وزوجته وابنته ومرافقه وعشرات المواطنين، وإصابة العشرات أيضا.
واغتال الاحتلال أيضًا في 30 يوليو 2002 مهند الطاهر قائد كتائب القسام في نابلس شمالي الضفة الغربية، بعد اشتباك مع قوات الاحتلال.
وفي 8 مارس 2003 اغتال الاحتلال عضو المكتب السياسي لحركة حماس ومسؤول الملف العسكري في الحركة إبراهيم المقادمة بصاروخ أطلقته طائرة مروحية إسرائيلية على مركبته في مدينة غزة.
كما اغتال الاحتلال المؤسس في حماس وقياديها البارز إسماعيل أبو شنب بتاريخ 21 أغسطس 2003 بقصف سيارته في مدينة غزة.
في حين، اعتبر عام 2004 من أصعب السنوات على حماس، حيث اغتال الاحتلال بتاريخ 22 مارس الزعيم الروحي ومؤسسها الشيخ أحمد ياسين بقصفه لحظة عودته من أداء صلاة الفجر في مدينة غزة بشهر مارس.
وبعد أقل من شهر اغتال الاحتلال أيضًا المؤسس المشارك وزعيم حماس خلفًا لياسين، عبد العزيز الرنتيسي بغارة جوية على سيارته في غزة بتاريخ 17 أبريل.
وهذا ما دفع حماس حينها لعدم الإعلان عن اسم خليفته وأبقته سرا لسنوات عديدة.
كما اغتال جهاز الموساد الإسرائيلي القيادي البارز في كتائب القسام عز الدين الشيخ خليل بتفجير سيارته في العاصمة السورية دمشق.
وخلال الحرب الإسرائيلية على قطاع غزة نهاية 2008 بداية 2009 اغتال الاحتلال القيادي بحماس نزار ريان، ووزير الداخلية القيادي بحماس سعيد صيام.
وفي 19 يناير 2010، اغتال جهاز الموساد الإسرائيلي القيادي البارز في كتائب القسام محمود المبحوح في أحد فنادق إمارة دبي بدولة الإمارات.
وفي 14 نوفمبر 2012 اغتال الاحتلال نائب القائد العام لكتائب القسام أحمد الجعبري بقصف مركبته في مدينة غزة.
وخلال حرب 2014 على قطاع غزة، اغتال الاحتلال بتاريخ 21 أغسطس قائد لواء رفح في كتائب القسام رائد العطار، والقياديين في الكتائب محمد أبو شمالة ومحمد برهوم، بقصف طال منزلا في رفح.
وفي معركة "سيف القدس" بمايو 2021، اغتال الاحتلال قائد لواء غزة في كتائب القسام باسم عيسى وعددًا من مهندسي القسام.